總統府、行政院、陸委會、數發部、警政署等5政府單位，在3日深夜11點多，陸續接到匿名恐嚇電子郵件，宣稱要在自由廣場引爆炸彈。警政署獲報後，立刻轉報台北市警局，台北市刑大科偵隊清查後，查出5封電郵都是由同一人寄出，發現IP位址都在美國，目前將持續追查幕後嫌犯身分。
警方指出，這封恐嚇電郵是在6月3日由同一人寄出，除了陸委會，還有多個與大陸事務相關的政府部門也收到類似信件，光是警政署的報案系統就接獲5起相關報案。北市刑大科偵隊已介入調查，但查出IP位址都在美國，但仍會全力追查寄件者身份。
陸委會表示，在接獲恐嚇郵件後，已第一時間完成報案程序，並會同相關單位對陸委會所在的中央聯合辦公大樓北棟進行安全檢查，但並未發現任何炸藥或可疑物品。陸委會嚴厲譴責此種意圖恐嚇社會治安的非法行為，並強調政府將依法處理，絕不寬貸。