教宗方濟各病逝，賴清德總統第一時間指示我國駐教廷大使館轉致總統唁電，表達我國人民及政府深刻哀悼；總統府也宣布，總統府、行政院將降半旗2天。對此，總統府今（22）天清晨6點30分舉行升旗典禮，依照儀節慣例，在典禮結束後，憲兵才將我國國旗下降半旗，以表達我國政府與人民的哀悼之意。
針對方濟各安息主懷一事，外交部指出，基於台梵深厚邦誼，我方除將派遣適當層級官員擔任特使參加教宗喪禮外，我國政府高層亦將出席教廷駐台大使館舉辦之追思彌撒，以表達台灣人民、天主教會教友及政府最深切的哀思。
總統府發言人郭雅慧說，賴清德聞訊後深感哀悼不捨，向教廷致以我國政府與人民誠摯悼念與深切慰問，同時指示外交部長林佳龍，向教廷駐我國大使館轉達悼念之意；我國駐教廷大使館則轉致總統唁電，表達我國哀悼與不捨。總統府與行政院並將降半旗2天，以代表我國政府與人民哀悼之意。
總統府今天（22）清晨6點30分依往例舉行升旗典禮，依儀節是在中華民國國旗升至最頂端，才會再將國旗下降半旗。因此，在國歌演奏完畢、國旗升至最高處後，憲兵才將國旗下降半旗，以表達我國政府與人民的哀悼之意。