過去受限於DNA鑑定技術，產生冤案的案例不少！而後來經過重新鑑定平反，著名案例包括2009年，被指控性侵女子的陳龍綺，當時要透過Y染色體比對嫌犯，但技術上僅能做17組基因型別，重複率達千分之一，以台灣男性人口計算，會有1萬1千人和嫌犯相同，但法官就用這紙報告，判了陳龍綺4年徒刑。另外江國慶冤案，調查人員，用驗血的試劑檢驗精液，導致結果錯誤。
冤獄平反個案陳龍綺(2014)說：「他就說我們沒有辦法，因為就驗到你的DNA。」談起當年因為涉嫌性侵，被法官判處4年徒刑，陳龍綺平反後仍有滿滿無奈，當時明明連同案被告，都供稱他不在場，法官卻因為一紙DNA檢驗，認定他就是共犯。
冤獄平反個案陳龍綺(2014)說：「法官你到底知道你搞了什麼事情出來，你到底了解了沒有。」無法接受判決結果，陳龍綺攜家帶眷逃亡，隨後律師團聲請再審，以新技術再進行鑑定，法院最終宣判陳龍綺無罪，2009年陳龍綺被控，與另外2名男子，涉嫌性侵1名女子。
當時採檢的混合型DNA，要透過Y染色體找嫌犯，不過Y染色體個化性弱，且當年技術僅做17組基因型別，預估的涉案人數也會影響，於是檢驗結果呈現，不排除有陳龍綺在內。
刑事局刑事鑑識中心主任黃女恩說：「當下的話他的鑑定書是寫說，沒有辦法排除這第三個人，可能在一開始的法庭程序的時候，他們用的就是比較武斷。」依照專家來看，Y染色體只做17組基因型別TGA，重複率千分之一，全台約1萬1千名男性，都會和嫌疑人相同。
但DNA檢測隨著科學進步，能鎖定的嫌疑範圍也越為精細，刑事局刑事鑑識中心主任黃女恩說：「我們現在Y染色體，現在都是做27組，他能夠鑑別的程度會提升，另外我們在解釋上，我們也會再去提醒，希望用鑑定報告的人，要能夠了解這個鑑定方法的意義。」
更明確但還是無法達到百分之百，更何況過去冤案當中，被指控性侵殺害女童的江國慶，更是因為當時調查人員，用驗血試劑測精液，用錯誤的結果將他入罪，最後導致江國慶被槍決，辦案講求科學證據，但檢驗方法侷限，以及人為疏失，也讓他們無故含冤。